Какой наполнитель лучше использовать в фильтре под биологию?

Естественно керамика лучше, но может биоболлы тоже имеют право на существование?
Да и керамика бывает разная.

Что ещё посоветуете?

Вообще в море используют биоболлы, поскольку от них, в отличие от керамики, исключено попадание вредных примесей в аквариум. Материалы керамики не всегда бывают инертны, а такая химически агрессивная среда, как морская вода, может в ступать с ними в реакцию.
Кроме биоболлов активно используют крупную коралловую крошку, а так же мелкие (5-10 см в диаметре) ЖК.
Еще видел в одном фильтре субстрат, похожий на клубки спутанной лески. Это тоже для биологии, как называется - не знаю.