go to bottom
Малёк
Аквафорум рыбка
Аватар пользователя

11 3
Russian Federation Moscow
13 года

Молекулярная генетика для аквариумистики

Возник такой вопрос. Я работаю в молекулярно-генетической лаборатории, занимаюсь анализом ДНК для всяких разных целей. Недавно реанимировал свое детское увлечение аквариумом. Теперь интересно, можно ли чем-то заниматься на стыке работы и аквариумного хобби.
На вскидку приходит в голову несколько задач, которые можно было бы решать:
1. определение пола у рыб на любой стадии развития (кроме одноклеточной),
2. определение видовой принадлежности
3. выявление и идентификация возбудителей болезней
4. Установление биологического родства (родители-дети, сибсы).
Поскольку не являюсь профессиональным аквариумистом, не знаю бывают ли ситуации, в которых эти задачи настолько актуальны чтобы прибегать к лабораторным методам. Если у Вас будут какие-то комментарии - буду признателен.

2011-07-1414/07/2011 01:01:16
#1454928
Нравится flax
Свой на Aqa.ru, Советник
Советник аквафорума

Аватар пользователя

5796 435
Калуга
1 года

Sardanapal

ИМХо, кроме определения пола у некоторых видов и определение болезней, остальное маловостребовано.
2011-07-1414/07/2011 07:36:46
#1454952
Завсегдатай
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

1514 105
Russian Federation Yekaterinburg
9 мес.

А мне было бы интересно, относятся ли все Hasemania spp к одному виду или нет, но... Для этого нужно как минимум иметь всех их в наличии.

2011-07-1414/07/2011 09:05:18
#1454969
Премодератор, Советник
Советник аквафорума

Аватар пользователя

11769 10860
Москва
1 мес.

Elohim_Meth

Поддерживаю, никто из 8 именитых адресатов-ихтиологов не спешит что-то с ответом по поводу этих рыбок Смайлик :D

Sardanapal

Вопрос такой, если сравнивать Медную Тетру и Тетру Амстронга ... сколько рыбок нужно, я так понимаю это фатально для самих рыб? Смайлик :clever:
2011-07-1414/07/2011 17:12:15
#1455143
Малёк
Аквафорум рыбка
Аватар пользователя

11 3
Russian Federation Moscow
13 года

Вдохновившись Вашим интересом, я обнаружил в сети полезную базу BOLD (Barcode of Life Data Systems). В нее складывают нуклеотидные последовательности некоторых видоспецифичных фрагментов ДНК для всех подряд видов на земле. В базе есть Hasemania nana (http://www.boldsystems.org/views/taxbrowser.php?taxon=Hasemania) Значит можно определить принадлежность к этому виду любого биологического материала.


сообщение Button
Вопрос такой, если сравнивать Медную Тетру и Тетру Амстронга ... сколько рыбок нужно, я так понимаю это фатально для самих рыб? Смайлик :clever:


Наука, конечно, требует жертв, но уверен, что можно обойтись без убийств. Для определения видовой принадлежности используют фрагмент митохондриальной ДНК (мтДНК). Это не хромосомная ДНК, которой у нас только по две копии на клетку. мтДНК присутствует в каждой клетке в тысячах копий, поэтому биологического материала в этом случае нужно очень мало. Предполагаю, что в фекалиях рыб достаточно клеток эпителия кишечника, чтобы прошла полимеразная цепная реакция (ПЦР). В этом случае для определения вида понадобится только только некоторое количество фекалий четко известной принадлежности. Наверное это не проблема, если на пару часов отсадить рыбу после кормежки. Но пока это все только теоретически. На практике я хочу сначала проверить на своих лялиусах и жемчужных гурами, работает это или нет. Но даже если не сработает, кусочка плавника ~ 1 мм будет точно достаточно.


А для каких видов актуально определение пола?

И что может быть востребовано в плане инфекций? Например, распознавание тропического или холодноводного ихтиофтириаза будет интересно?
2011-07-1414/07/2011 22:58:57
#1455280
Нравится Button
Премодератор, Советник
Советник аквафорума

Аватар пользователя

11769 10860
Москва
1 мес.

Sardanapal

Спасибо, ждем тогда результатов по имеющимся рыбам, потом Хасеманий.

Относительно пола - есть тема по креветкам, когда креветки меняют пол с самца на самку: Повторно хочу поднять вопрос о формировании пола у вишен вообще, по определению пола будет востребовано для креветководов и сомятников (из раздела L сомы).
2011-07-1414/07/2011 23:07:09
#1455283
Свой на Aqa.ru
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

2170 144
Москва
13 года

Sardanapal


Классно!

А , по аквариумным растениям и морским обитателям, такое можно?

Изменено 15-7-2011 автор АлександЭр
2011-07-1515/07/2011 21:44:54
#1455629
Свой на Aqa.ru
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

2704 197
Москва
7 года

сообщение Sardanapal
...
1. определение пола у рыб на любой стадии развития (кроме одноклеточной),
2. определение видовой принадлежности
3. выявление и идентификация возбудителей болезней
4. Установление биологического родства (родители-дети, сибсы).
...

1. По любому - влиять на дальнейший ход событий мы не в состоянии и см. п. 5.
2. Тоесть - брать анализ рыб только для причесления их к какому либо виду? ... Зачем? Как в своё время мне ответила Мелиса - какая разница породистый у тебя петух или нет - смотри нравится он тебе или нет! и см. п. 5.
3. Выявлять болезни... проще нормальным содержанием их не допускать. и см. п. 5.
4. Интересную рыбу не нерестят в общаге и точно знают родителей. п. 5. - можно не смотреть!
...
5. Возможно владельцу платиновой арованы стоимостью в пол миллиона долларов эти иследования и покажутся интересными, но владелец данек (5руб. за без счёта) врядли будет из Владика Вам кусочек плавника посылать...
Утрированно конечно, но анализ стоимость несколько тыр. ИМХО оправдан только для рыб стоимостью несколько десятков тыр. - коих абсолютное меньшинство.
2011-07-1616/07/2011 01:33:32
#1455693
Завсегдатай
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

1514 105
Russian Federation Yekaterinburg
9 мес.

сообщение Sardanapal
Наука, конечно, требует жертв, но уверен, что можно обойтись без убийств. Для определения видовой принадлежности используют фрагмент митохондриальной ДНК (мтДНК). Это не хромосомная ДНК, которой у нас только по две копии на клетку. мтДНК присутствует в каждой клетке в тысячах копий, поэтому биологического материала в этом случае нужно очень мало. Предполагаю, что в фекалиях рыб достаточно клеток эпителия кишечника, чтобы прошла полимеразная цепная реакция (ПЦР). В этом случае для определения вида понадобится только только некоторое количество фекалий четко известной принадлежности. Наверное это не проблема, если на пару часов отсадить рыбу после кормежки. Но пока это все только теоретически. На практике я хочу сначала проверить на своих лялиусах и жемчужных гурами, работает это или нет. Но даже если не сработает, кусочка плавника ~ 1 мм будет точно достаточно.

Может быть, проще взять мазок слизи с поверхности тела рыбы?
2011-07-1616/07/2011 11:24:46
#1455738
Малёк
Аквафорум рыбка
Аватар пользователя

11 3
Russian Federation Moscow
13 года

сообщение Button
Спасибо, ждем тогда результатов по имеющимся рыбам, потом Хасеманий.

Относительно пола - есть тема по креветкам, когда креветки меняют пол с самца на самку: Повторно хочу поднять вопрос о формировании пола у вишен вообще, по определению пола будет востребовано для креветководов и сомятников (из раздела L сомы).

Думаю, результаты пилотного эксперимента смогу представить не раньше чем через неделю. Вчера заказл необходимый реактив - праймеры (синтетические фрагменты ДНК, необходимые для ПЦР-анализа конкретного участка ДНК). Через неделю будут готовы.

Если у креветок пол не детерменирован на генетическом уровне, то скорее всего у них нет пол-специфичных ДНК маркеров. Нужно будет что-нибудь почитать на эту тему.
2011-07-1616/07/2011 15:00:04
#1455775
Нравится Button
Малёк
Аквафорум рыбка
Аватар пользователя

11 3
Russian Federation Moscow
13 года

сообщение АлександЭр
Классно!

А , по аквариумным растениям и морским обитателям, такое можно?

Изменено 15-7-2011 автор АлександЭр

Можно для всего живого. Но будет определенная специфика для растений, моллюсков, креветок... С рыбами проще - для них описаны системы анализа универсальные для всех видов.
2011-07-1616/07/2011 15:11:53
#1455781
Малёк
Аквафорум рыбка
Аватар пользователя

11 3
Russian Federation Moscow
13 года

сообщение OMEGARUS
1. По любому - влиять на дальнейший ход событий мы не в состоянии и см. п. 5.
2. Тоесть - брать анализ рыб только для причесления их к какому либо виду? ... Зачем? Как в своё время мне ответила Мелиса - какая разница породистый у тебя петух или нет - смотри нравится он тебе или нет! и см. п. 5.
3. Выявлять болезни... проще нормальным содержанием их не допускать. и см. п. 5.
4. Интересную рыбу не нерестят в общаге и точно знают родителей. п. 5. - можно не смотреть!
...
5. Возможно владельцу платиновой арованы стоимостью в пол миллиона долларов эти иследования и покажутся интересными, но владелец данек (5руб. за без счёта) врядли будет из Владика Вам кусочек плавника посылать...
Утрированно конечно, но анализ стоимость несколько тыр. ИМХО оправдан только для рыб стоимостью несколько десятков тыр. - коих абсолютное меньшинство.

OMEGARUS, спасибо за комментарии.
Конечно, нет никакой необходимости генотипировать всех рыб подряд. Но, как Вы видели, есть люди, которым это оказалось интересно, значит идея не такая уж нелепая.
Возможно есть селекционеры аквариумных рыб, которым молекулярная генетика могла бы пригодиться. Например, при селекционной работе с сельскохозяйственными животными генетическая паспортизация используется активно (првда, не у нас в стране).
Я разместил сообщение в раздел Эксперименты, а не Куплю/Продам, следовательно не планирую на этом зарабатывать деньги. Просто интересно применить методы которые знаю в неосвоенной этими методами области . Но если уж говорить об экономической целесообразности: для человека выявление инфекций методом ПЦР стоит 140-180 руб. Кажется, это меньше, чем цена лекарства из зоомагазина, которое возможно в данном конкретном случае не поможет.
2011-07-1616/07/2011 17:50:31
#1455821
Малёк
Аквафорум рыбка
Аватар пользователя

11 3
Russian Federation Moscow
13 года

сообщение Elohim_Meth
Может быть, проще взять мазок слизи с поверхности тела рыбы?

Хорошая мысль, мазок тоже попробую.
2011-07-1616/07/2011 17:51:54
#1455822
Посетитель
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

293 41
Мурманск
5 года

Sardanapal

по-моему, интерес представляет только возможность определения вида у каких-то новых привозных видов или спорных видов (как например ранее у нас путали родостомуса и красноносую тетру). А с учетом того, что сейчас есть возможность заказа рыбы из природных водоемов и наличия у многих видов различных цветовых морф и форм ( что дает вероятность того, что это потенциально могут быть новые виды), то такие иследования могут быть интересны. НО, на мой взгляд это больше интересно ихтиологам-систематикам, простым аквариумистам все-таки это не очень нужно.

А так - да. Программа БАР-кодов для морских организмов (в том числе и рыб) идет и довольно быстро. По пресноводным рыбам - не в курсе.

Кроме того, лично у меня довольно скептическое отношение к методам генетики. Лично слушал доклад на одной конференции, где использование разных методов (морфология, генетика и некоторые другие) давали не совпадающие результаты.
2011-07-1616/07/2011 23:05:42
#1455906
Малёк
Аквафорум рыбка
Аватар пользователя

11 3
Russian Federation Moscow
13 года

сообщение kerguduk
Кроме того, лично у меня довольно скептическое отношение к методам генетики. Лично слушал доклад на одной конференции, где использование разных методов (морфология, генетика и некоторые другие) давали не совпадающие результаты.

Но генетику ведь и использут имеенно потому, что она не всегда совпадает с морфологией. Морфология - результат адаптации к условиям среды, а генетика изучает признаки не влияющие на фенотип, что-то вроде молекулярных часов эволюции. Поэтому генетика необходима для построенния естественной систематики и позволяет выявить виды, неразличимые морфологически.

С остальным согласен, генетика нужна профессионалам (они и без меня ею прекрасно владеют) и видимо не нужна любителям. Но любопытства ради хочется что-то сделать и на уровне любителя.
2011-07-1717/07/2011 22:46:41
#1456208
Посетитель
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

158 13
Москва
4 года

Мне бы было очень интересно насчёт моллинезий , а именно Велиферы, Латипинны, Сфенопсы, Петенензис скрещиваются они или?, и, что у них там с генетикой - насколько они родственны?
Ну и откуда у них красный цвет.

Изменено 22.7.11 автор molli/

2011-07-2222/07/2011 10:37:41
#1457919
Свой на Aqa.ru
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

3805 680
Санкт-Петербург
2 дн.

Лично мне было бы интересна идентификация гибридных эхинодорусов.

2011-07-2222/07/2011 15:28:34
#1458032
Постоянный посетитель
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

747 115
Москва
1 года

В таком случае мне была бы интересна возможность определения видовой принадлежности крипт.
Это помимо п.п. 1 и 3.

Изменено 22.7.11 автор flax

2011-07-2222/07/2011 15:37:48
#1458037
Свой на Aqa.ru
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

2170 144
Москва
13 года

Sardanapal


По растениям очень актуально, т.к. развелось "местных и азиатских лысенковцев/мичуринцев" шлёпают не думая головой.
2011-07-2222/07/2011 17:06:29
#1458066
Посетитель
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

350 14
Russian Federation Rostov-on-don
6 года

Sardanapal


Вы , только - когда хоть что то сделаете , получите результат, не вздумайте описывать в открытом доступе.
Не хватало нам ещё рыб с птичьими головами или мяукающих гуппи из азии , в поставках получать))) И так уже им слишком много технологий по глупости попало ))
2011-07-2222/07/2011 22:28:53
#1458151
Посетитель
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

112 7
Москва
23 дн.

"2. определение видовой принадлежности "
Генотипирование чень актуально и для растений, мхов, в частности, для пресноводных креветок (в чём разница между рэд файрами и сакурами, например) - неочевидно деление не только на виды, но и на роды (каридина, неокаридина). и зелёные - разные...

2011-07-3131/07/2011 13:47:21
#1460872
На премодерации
Аквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбкаАквафорум рыбка
Аватар пользователя

6963 988
Пушкино
4 года

Рад что такие изыскания кто-то пытается проводить. Поддерживаю. Будет человек который споры по всяким видовым непоняткам сможет решить.

Смайлик :mir: что б получилось!

2011-09-0606/09/2011 22:24:38
#1477597



Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Польвователь
Top