летом на юге купила ракушки, плоские такие, продавались как набор для аквариума. Перед тем, как поместить в аквариум, прокипятила их вместе с грунтом. Через три недели стала замечать, что на них появились зеленые точечки, как будто зеленкой капнули, кстати, то же самое появилось на камне, который покупала в зоомагазине и на нескольких камушках грунта. Раковины из аквариума я убрала на всякий случай, но так и не могу понять, что произошло. Может, это водоросли? или все же какая-то другая пакость?

ничего страшного. Однако раковины могут повысить жесткость воды. Так что делайте выводы.

Насколько я поняла, это зеленые водоросли. Появляются обычно от большого количества света. Помимо грунта и камней, могут появится на переднем стекле аквариума. Я обычной губочкой их стираю.
Ракушки можно отмыть, но стоит ли их класть обратно - не знаю. От морских ракушек вода может стать жестче..

а каое количество ракушек можно держать в 30 литрах без опасения за изменение параметров воды?

приблизительно так: одна чайная ложка карбоната кальция на ваши 30 литров воды увеличит и буферность, и жесткость на 3-4 градуса.
для исходно мягкой воды это очень существенно.
размер ракушки с чайной ложкой мела придется соотнести самой.

я живу в Питере, вода у нас считается мягкой, но большинство ракушек все же сегодня повытаскиваю. Может подскажете заодно, гурами и сомы очень страдают от повышенной жесткости воды?

могу только сказать, что существует туча справочников, где указана рекомендуемая для той или иной рыбы жесткость.
обычно, рекомендации эти здорово разнятся
если рекомендации на разных ресурсах совпадают один-в-один, то это часто значит, что они тиснуты из одного источника.
в общем, покопайтесь - и все поймете.

по барабану им эти ракушки будут, да и жесткость значительно не повысится, тем более вода у нас действительно мягкая. У меня вообще стоят две глыбы в банке с сомами и гурами, одна - туф(растительного происхождения), вторая песчаник-ракушечник(тоже туфовая порода), по сравнению с к-ми Ваши ракушки ..... Чувствуют себя рыбы нормально, а несколько ракушек уж точно не повысят сколько-нибудь существенно жесткость. Если не ошибаюсь засыпка 500г ракушечника во внешний фильтр на 100л аквариум приводит к повышению жескости на 2-3градуса(по крайней мере в инструкции что-то такое было. Так что не парьтесь.